bcftools处理vcf文件
合并同一个样本的两个vcf文件：bcftools concat -a <snp.vcf.gz> <indel.vcf.gz>
合并不同样本的vcf文件，合并的每个样本会在info后面体现：bcftools merge --force-samples <s1.vcf.gz> <s2.vcf.gz>
拆分1000genome下载的PHASE3 vcf文件：
for file in *.vcf*; do
for sample in `bcftools query -l $file`; do
bcftools view -c1 -Oz -s $sample -o ${file/.vcf*/.$sample.vcf.gz} $file
done
done
合并不同样本的vcf文件，合并的每个样本会在info后面体现：bcftools merge --force-samples <s1.vcf.gz> <s2.vcf.gz>
拆分1000genome下载的PHASE3 vcf文件：
for file in *.vcf*; do
for sample in `bcftools query -l $file`; do
bcftools view -c1 -Oz -s $sample -o ${file/.vcf*/.$sample.vcf.gz} $file
done
done
bcftools query -l vcf文件：可以列出vcf文件里的所有样本名称
bcftools view -c1 -Oz -s 样本名 -o 结果vcf 输入的vcf ：可以把若干样本（逗号分隔）的vcf文件拆出来保存
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