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bcftools处理vcf文件

合并同一个样本的两个vcf文件:bcftools concat -a <snp.vcf.gz> <indel.vcf.gz> 合并不同样本的vcf文件,合并的每个样本会在info后面体现:bcftools merge --force-samples  <s1.vcf.gz> <s2.vcf.gz> 拆分1000genome下载的PHASE3 vcf文件: for file in *.vcf*; do   for sample in `bcftools query -l $file`; do     bcftools view -c1 -Oz -s $sample -o ${file/.vcf*/.$sample.vcf.gz} $file   done done bcftools query -l vcf文件:可以列出vcf文件里的所有样本名称 bcftools view -c1 -Oz -s 样本名 -o 结果vcf   输入的vcf  :可以把若干样本(逗号分隔)的vcf文件拆出来保存