Jenny

经过 15 号下午和 16 号早上一天的调研，把这几年 CNV 相关的文献大体看了一遍，感想如下： 1 ）致病和可能致病的 CNV （指的是 10kb 以上的，不包括单个外显子水平的 CNV ）在产前产后不同年龄遗传疑似患者等各种样本里的检出率，基本上是 10-15% 。大概是目前的检测极限性导致的。 2 ） CNV 软件目前依然未出现权威，倒是这几年关于外显子 CNV 的检测软件不断地发出来，说明人们越来越有需求，也越来越意识到两种 CNV 不能采用相同的策略。外显子 CNV 的假阳率依然是很大的问题。 3 ）开始出现了讨论 CNV 参考集样本如何挑选的文章【注 1 】，说明随着测序结果解读的发展，对 CNV 的检测准确率要求越来越高。以后 CNV 结果的分析在领域的重要性会不断攀升。只要 NGS 还占据主要份额，对掌握 CNV 分析和流程优化人才的需求也会越来越迫切。因为大量软件不根据自己的流程优化是不能直接生产使用，至少参考集得根据流程选择吧。 4 ）不管是点突变还是 CNV ， WGS 比 WES 优势越来越明显（点突变是因为探针捕获的均一性会影响外显子区域的覆盖， WGS 能保留更多区域的 reads ，特别是 PCR-free 的情况下）。如果还在这个领域待着的公司和个人，可能都要开始研发WGS相关的流程和产品了。 5 ）关于 CNV检测方法 ，前几年（ 2017 年前）有大量的关于机器学习甚至深度学习的文章出现，但是个人感觉这几年这样的文章变少了，而且关于 CNV 算法的文章也变少了，我个人认为可能是大家意识到复杂的算法会影响灵敏度和导致过拟合，影响 CNV 检测最大的因素还是数据的均一性和参考集的选择，越简单的模型可能越能够权衡灵敏度和特异度。 但是这几年 如何提高 CNV 检测的准确性的文章出现频率变高了，感想同3）。不过关于如何更准确地统计CNV检出率之类的文章还是没有找到…… 6）ACMG呼吁CNV的致病评级应该去表型化，以及近几年关于CNV GWAS和疾病关系的研究越来越热门，说明以后CNV可能会变成比SNP更强的一种致病标记，更容易流程化（就和肿瘤靶向报告可以直接出一样）总之应该开始开发这类产品了，我很想研发，但是我们会社不给力啊……OTL 注 1 ： 这篇文章 说可以用 knn 、...